다만, 제도 개선에 따른 의료기관의 준비기간 등을 고려하여 선택진료의사 자격요건 강화와 관련된 사항은 2012년 10월 1일부터 시행한다.
* 선택진료제도 : 환자가 병원급 의료기관을 이용할 경우 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 일정한 자격요건을 갖춘 의사․치과의사 또는 한의사를 선택하여 진료를 신청하는 제도

이번에 바뀌게 될 주요 내용을 살펴보면,선택진료의 수준 제고를 통한 환자의 만족도를 높이기 위하여 선택진료의사의 자격요건을 종전 ‘대학병원의 조교수 이상인 의사 등’에서 ‘전문의 자격인정을 받은 후 5년이 경과한 대학병원․대학부속 한방병원․대학부속 치과병원의 조교수 이상인 의사 등’으로 강화하고다만, 치과의 경우에는 전문의제도 시행시기 등을 고려하여 ‘면허취득 후 10년이 경과한 조교수 이상인 치과의사’도 포함되도록 별도의 기준을 마련하였다.
* 2004년 치과의사 전문의제도 도입, 2008년부터 전문의 배출(’11.2.기준 1,026명)

또한, 환자의 실질적인 선택권을 보장하기 위하여 상급종합병원과 종합병원의 경우, 보건복지부 장관이 지정․고시하는 필수진료과목에 대해서는 전 진료시간 동안 1명 이상의 비선택진료의사를 반드시 배치하도록 하였다.
* 종전에는 진료과목별로 1명 이상의 비선택진료의사를 배치함으로써 진료일 또는 진료시간이 아닌 경우 환자는 추가비용을 부담하는 선택진료 이용

이와 함께 선택진료에 대한 환자권익을 보호하기 위하여 입원 및 외래의 선택진료 신청서식을 하나로 통합하고 환자가 주진료과 외에 진료지원과목에 대한 선택진료 신청시 항목별 표시와 서명을 하게 함으로써 불필요한 과잉진료를 예방하여 의료비 부담을 줄이고 종전에는 환자가 주진료과 의사에게 진료지원과목에 의사선택을 포괄 위임할 수 있는 방식을 채택환자 또는 그 보호자가 선택진료신청서의 사본을 요청한 경우에는 선택진료의료기관의 장은 사본을 발급하도록 하였으며,선택진료 항목과 추가비용 산정기준 등 선택진료에 관한 기록의 보존기간을 종전 3년에서 5년으로 조정하였다.

한편, 보건복지부 관계자는 ‘이번 제도개선으로 선택진료 서비스의 질적 수준을 높이고 환자의 의사 선택 폭이 확대되어 의료비 부담이 경감될 뿐만 아니라 선택진료에 대한 환자의 접근성을 높이는 계기가 될 것으로 기대된다’고 밝혔다.